Наноструктуры. Математическая физика и моделирование, 2014, том 11, № 2, 6-28

Е.А. Вилкул, А.А. Тужилин

Геометрия аминокислот и полипептидов: случай рентгеноструктурного анализа

Ключевые слова: белки, PDB, ошибки, рентгеноструктурный анализ

Аннотация

Настоящая работа продолжает тестирование Protein Data Bank: теперь мы интересуемся той частью базы полипептидов, которая была получена с помощью рентгеноструктурного анализа. Мы покажем, что все “патологии”, обнаруженные нами в случае ядерно-магнитного резонанса, встречаются и здесь. Кроме того, мы продемонстрируем, что хорошее разрешение (оно отражается в параметре RESOLUTION) не гарантирует отсутствие “патологий”. Наконец, мы обсудим нарушение закона плоско сти Полинга и покажем, что существенные нарушения достаточно часто встречаются как в спиралях, так и в листах.

[ Полный текст статьи ]

---

Nanostructures. Mathematical physics and modelling, 2014, vol. 11, № 2, 6-28

E.A. Vilkul, A.A. Tuzhilin

Geometry of amino acids and polypeptides: X-ray case

Keywords: PDB, proteins, pathologies, X-ray

Abstract

The present paper continues testing Protein Data Bank: now we are interested in the part of this base which was obtained by means of X-ray analysis. We show that the “pathologies” observed by us in the case of NMR are presented here as well. Moreover, we demonstrate that good resolution (parameter RESOLUTION) does not guarantee the absence of the “pathologies”. Finally, we discuss the disturbance of the famous Pauling plane law and show that the high level of disturbance can appear in helices and sheets.

[ Full text ]

---