Ключевые слова: Protein Data Bank, поиск ошибок
Аннотация
В настоящей работе мы продолжаем исследование геометрии расстояний между атомами белков, начатой нами в предыдущих работах. В качестве базы данных координат мы используем Protein Data Bank. Мы приведем ряд новых соображений, позволяющих понять, что файл с координатами атомов белка содержит ошибки. В результате мы построим новую базу, которая в следующих работах будет использована для изучения геометрии графа ковалентных связей и его связи с другими экстремальными графами, например, с минимальными остовными деревьями. Эта работа продолжит изучение геометрии ломаных, построенных на последовательных альфа-углеродах.
Keywords: Protein Data Bank (PDB), analysis of errors
Abstract
In the present paper we continue to investigate the distance geometry of proteins atoms. For the atoms coordinates database, we take Protein Data Bank (PDB) files. We present a few new ideas to test PDB-files for errors. As a result, we construct a new database which will be used in our next work for understanding the relation between the covalent bonds graph and some other extreme graphs like minimum spanning tree. This work continues our previous investigation of the geometry of polygonal lines constructed on coordinates of consecutive alpha-carbons.
[ Full text ]